卢沟桥事变爆发后，北平被日军占领。时任辅仁大学(后为北京师范大学)校长的史学泰斗陈垣，身处危境，大义凛然，坚决与敌斗争。在大学讲台上，陈垣讲抗清不仕的顾炎武的《日知录》，讲表彰抗清民族英雄的全祖望的《鲒埼亭集》，以此自励，亦以此勉励学生爱国。
同时，陈垣还利用史学研究为武器，辛勤笔耕，连续发表史学论著，抨击敌伪汉奸，显示不屈不挠的民族气节。
抗战期间他闭门谢客、发愤著述、以史明志。他先后撰成7部专著。其中被称为“宗教三书”的《明季滇黔佛教考》《清初僧诤记》《南宋初河北新兴道教考》，以及《中国典籍佛教概论》均为针对时局、抗击日寇、指斥汉奸的作品，意在表彰明末遗民的爱国精神和民族气节。
《通鉴胡注表微》更是陈垣的一部力作，凝聚了他大量心血，前后用了两年时间才完成，集中体现了他强烈的历史感和时代责任感。隐含民族气节与爱国情操，倾注了他对祖国前途的忧患与希冀，表达了对前方抗日将士的敬慕和对汉奸卖国贼的痛恨，体现了很高的学术成就和爱国主义思想。
胡适曾说：“南方史学勤苦而太信古，北方史学能疑古而学问太简陋，将来中国的新史学须有北方的疑古精神和南方的勤学工夫。能融合南北之长而去其短者，首推王国维与陈垣。”
在黑暗岁月里，心向光明、坚贞不屈的陈垣，以笔作枪、著述明志、巨著煌煌，成就了璀璨绚烂的自我。崔鹤同
